故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系...

　　故事发生在位于海德星系的马汀行星之上，在这里，人类建造了大型宇宙殖民地，过着平静幸福的生活。然而，一场意料之外的爆炸令亚维人类帝国舰队找到了入侵的途径，他们占领了殖民地，成为了这里的统治者。　　洛克是马汀政府的主席，为了保一己之身，他不惜出卖同胞，换来了在新帝国之中的位高权重，成为了海德伯爵。一晃眼就是七年过去，杰特（今井由香 配音）是洛克的儿子，为了继承父亲的爵位，他来到了帝都，进入学校接收...

　　《星界之纹章》的前传，主角是拉菲尔的父母。...