1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。...

　　美丽可爱的月野兔（三石琴乃 配音）是一名正救读初中的女孩，她学业平平，任性娇弱，俨然是生活在大都会普普通通的女孩子们中的平凡一员。可是，在遇到了那只会说话的小猫露娜之后，月野的人生发生天翻地覆的变化。她不仅可以变身成为拥有神奇能力的水手月亮，还渐渐知晓了自己前世今生的秘密。为了保卫地球，挫败黑暗帝国的野心，月野和水野亚美（久川绫 配音）、火野丽（富泽美智惠 配音）、木野真琴（篠原惠美 配音）、...

　　"　　魔界树篇　　自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎，他们于是派手下卡魔人四处收集能量。岩和安本是情侣，但却分别爱上...

　　小兔她们现在已经升上初三了，战士们为了考上高中，组织了一个读书会，一起到小丽家中温习。素来有灵力的小丽做了一个怪梦，梦见救世主出现，世界毁灭，令她很担心。新的敌人死亡变种开始利用心魔，四处找寻拥有“纯真之心”的人，而那颗纯真之心即是塔利斯曼，集齐三粒塔利斯曼，传说中拥有极强大力量的圣杯就会出现。首先被心魔袭击的人就是小丽，其它战士想救她，但这次的敌人太强，众人不敌。突然有两位神秘的新战士出现，...

　　故事简介:　　有一晚，豆钉兔在梦中来到一个森林，在森林中的湖上，她见到纯白色、有角和翼的独角天马。日全蚀的那一天，一座神秘的马戏团从天而降。之后不久，一班专门袭击拥有美丽梦想的敌人出现了，他们是阿玛逊三重奏 -- 老虎眼、秃鹰眼、美鱼眼。敌人的目的是要找寻躲藏在某人美丽梦想之内的独角天马。因为圣杯在上次大战中被毁，Sailormoon现在无法变身成SuperSailormoon，面对力量比她强...

　　黑暗女王复活篇　　阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危机，雪奈复活并从土萌教授那里接回阿萤，去找阿遥和美智留，再次加入战斗。镜之舞孃袭击外部战士四人，仍是...

　　故事主要回忆太阳系内部战士以及Sailor Moon的觉醒背景。...

　　深夜三时正，睡梦中的小朋友被一阵笛声吸引，起来走到屋外，边唱著"三时之妖精"，边循笛声来到飞船上，待船上载满小朋友后，吹笛的妖精便把飞船驶向天上。　　一日，内部战士们聚集在真琴家中，学弄曲奇饼。三时了，真琴家中的报时钟响起，一只小鸟弹出叫了三下，真琴於是对众人说起三时之妖精的故事。　　豆钉兔拿著她弄的曲奇走到街上，遇到一位美少年。二人谈得很投契，互相自我介绍，那位美少年名叫...

　　某日，一块神奇的结晶体现身地球，被科学家宇宙翔拾得。与此同时，露娜和亚特密斯大吵了一架之后离家出走，却因病体力不支昏倒在了路上，宇宙翔将虚弱的露娜带回了家，精心照料，露娜渐渐恢复了活力。　　让大家没有想到的是，那块神秘结晶体的本尊，竟然是想要侵略地球的月亮雪公主，现出真身之后，月亮雪公主即刻召集了爪牙，展开了破坏行动。为了对抗邪恶的月亮雪公主，水手服战士们全体出动，然而月亮雪公主用自己的力量使...

　　高二那年夏天，美丽的女孩武藤里伽子（坂本洋子 配音）随母亲离开大都会东京，来到了古朴幽静的高知。聪慧美丽的里伽子在这个偏僻的小地方如此靓丽，引来了男孩们的爱恋的目光，而她孤高的性格又让女孩们颇多微词。与她同班的班长松野丰（関俊彦 饰）偷偷喜欢着她，而松野的好友杜崎拓（飛田展男 饰）似乎也对里伽子颇为关注。在黄金周中，里伽子约上拓一同返回东京，拓也第一次感知到这个看似冰冷的女孩内心中最脆弱的情感...