晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取...

　　本作品的出场人物，大部份取自格林童话里的人物。这些人物在本作中，作了大幅度的整理，让每一个童话人物一看就知道是哪一个人物。　　故事的男主角铃风草太，是一个中学生。一直以来，他都很想探求小时候母亲说过的一个童话故事。有一天，草太在耳边隐约听到一把神秘的声音，正在说着这故事的内容。他这把声音引诱到秋叶原的小巷中。草太就是这样，遇到一个称他为“艾尔岱之钥”的男人。这男人突然变身为恶梦魔，对草太施以袭...