上一集的相会，无意改变了作曲家戴夫·塞维利亚（杰森·李 Jason Lee 饰）与三只可爱的花栗鼠艾尔文（贾斯汀·朗 Justin Long 配音）、西蒙（马修·格雷·库伯勒 Matthew Gray Gubler配音）与西奥多（杰西·麦卡尼 Jesse McCartney 配音），他们结伴出游，享受音乐的乐趣，当然也闹出不少的乱子和笑话。意外受伤的戴夫将三只小家伙托付给杰姬阿姨，还为他们办了入学...

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……...